Jak informowaliśmy już szerzej w artykule "Google przeszukuje dyski", Google Desktop Search oferuje możliwość indeksowania i przeszukiwania wiadomości e-mail w programach Outlook i Outlook Express, dokumentów pakietu biurowego Office i innych plików tekstowych, archiwum czatów komunikatora AOL oraz historii odwiedzonych witryn WWW. Faktem, który zmącił spokój ekspertów zajmujących się problematyką bezpieczeństwa i prywatności, jest możliwość odnalezienia w tworzonym przez GDS indeksie poufnych informacji - przykładowo transakcji finansowych przeprowadzanych z wykorzystaniem witryny internetowej banku lub odczytywania korespondencji użytkowników korzystających ze skrzynek pocztowych z poziomu przeglądarki internetowej.

Jak twierdzi Richard Smith, niezależny konsultant ds. bezpieczeństwa i prywatności: "Program ten przypomina po prostu zwykłego szpiega. Podobnie jak broń palna, może być potencjalnie bardzo niebezpieczny".

Przedstawiciele Google odpierają zarzuty ekspertów. Marissa Mayer, szef działu sieciowych produktów konsumenckich tłumaczy, iż Google Desktop Search nie stanowi żadnego zagrożenia dla prywatnych danych. Program może być tak skonfigurowany, aby nie indeksować bezpiecznych stron internetowych lub witryn ze specyficznych domen. Ponadto wersja beta może być tylko zainstalowana przez użytkownika Windows na jednym profilu. Oznacza to, iż jeśli druga osoba zaloguje się do systemu na inny profil, nie będzie w stanie skorzystać ani zainstalować GDS. Co ciekawe, Mayer zwraca uwagę na fakt, iż narzędzie to nie zostało zaprojektowane pod kątem instalacji na komputerach współdzielonych pomiędzy kilku użytkowników.

Ken Dunham, specjalista ds. bezpieczeństwa z firmy iDefense twierdzi, iż GDS może stanowić zagrożenie jedynie w środowiskach, w których dostęp do komputera ma więcej osób (przykładowo szkoła lub miejsce pracy). "Jeśli używamy komputera w miejscu publicznym, musimy się liczyć z faktem, iż wszystko co przy ich pomocy napiszemy może być przeczytane, niezależnie od tego czy zainstalujemy Google Desktop Search, czy też nie" - dodaje Bruce Schneier z Counterpane Internet Security.