iTunes służy przede wszystkim do wygodnego kupowania muzyki przez Internet, może także być wykorzystywany do porządkowania zbiorów MP3 na dysku twardym, przenoszenia wybranych utworów do odtwarzacza, zarzadzania biblioteką mediów itp..

Aplikacja została zorganizowana w sekcje - oddzielne biblioteki dla plików muzycznych, filmów, audycji telewizyjnych, podcastów i radia. Program oferuje 3 różne tryby widoku interfejsu, w tym nowy - Album View - porządkowanie biblioteki plików wg albumów (iTunes wyświetla także okładki oraz wyszukuje je w przypadku brakującego pliku graficznego). Aby ułatwić proces pobierania wielomegabajtowych plików filmowych odtwarzacz iTunes wyposażono także w asystenta (Download Manager), który pozwala oglądać filmy jeszcze w trakcie pobierania i ustanawiać priorytety w przypadku pobierania większej liczby plików.

W najnowszej wersji oznaczonej numerm 9.2.1 poprawiona została funkcja "drag & drop", służąca do przenoszenia plików prosto do iTunes, wyeliminowane zostały błędy synchronizacji z niektórymi urządzeniami oraz poprawiona została szybkość i wydajność programu.